Le nom même de Pharisiens (hébreu perushim) semble signifier “séparés”, “dissidents”, ce qui implique une scission à l’intérieur du judaïsme. La plupart des historiens situent celle-ci vers le milieu du IIème siècle avant l’ère chrétienne, dans le prolongement de la révolte des Maccabées. Josèphe, quant à lui, les montre constitués en parti autant politique que religieux sous le règne de Jean Hyrcan (134-104) où ils entrent dans l’opposition. Ils sont persécutés par Alexandre Jannée (103-76), puis par Hérode (37-4), après avoir connu un bref répit sous le règne de Salomé-Alexandra (76-67).
Leur principale divergence avec les Sadducéens porte sur la légitimité de la tradition orale venant infléchir, tempérer, compléter la Loi écrite contenue dans le Pentateuque (Antiquités XIII, 297). De là découlent les autres points de désaccord. Les Pharisiens, contrairement aux Sadducéens, essaient de concilier liberté de l’homme et prescience divine, affirment la survie de l’âme, la rétribution après la mort, croient en la résurrection et en l’existence des anges. L’opposition des deux courants sur ces deux derniers points est bien soulignée dans les Synoptiques à propos de la question sur la femme et ses sept maris (Marc 12, 18-27) ; Matthieu 22, 23-33 ; Luc 20, 27-40), et lors du procès de Paul en Actes XXIII. À ces points de doctrine s’ajoutent des divergences concernant les pratiques. Josèphe note à ce propos que les Sadducéens sont obligés de se conformer aux propositions des Pharisiens « parce qu’autrement le peuple ne le supporterait pas » (Antiquités XVIII, 17). Il souligne en effet la popularité des Pharisiens, vertueux, affables et dont la doctrine rencontre l’adhésion de la foule tandis qu’il présente les Sadducéens comme des aristocrates arrogants.
Cette image donnée par un Juif né à Jérusalem en 37, membre de la caste sacerdotale qui, après avoir hésité entre les divers courants de son temps, a opté pour les Pharisiens, diffère considérablement de la présentation que l’on trouve dans les Evangiles. Le ton très âpre de Matthieu XXII 13-33 en particulier est souvent expliqué aujourd’hui par les circonstances de la rédaction du texte après 70, au moment où les Pharisiens, seuls survivants de la guerre, sont ceux que le christianisme naissant doit affronter. Il faut noter en revanche que les Pharisiens apparaissent sous un jour beaucoup plus favorable dans les Actes où Paul se vante d’être « Pharisien, fils de Pharisien » et où le célèbre maître pharisien Gamaliel, estimé de tout le peuple, prend la défense des apôtres (V, 34).
Les Pharisiens n’étaient qu’environ six mille avant 70, aux dires de Josèphe, mais ils prônaient une forme de religion populaire et consolatrice. Ils semblent être visés par certains textes de Qumran qui leur reprochent leur laxisme. Si ces textes émanent bien du milieu essénien, le christianisme primitif doit plus aux Pharisiens qu’aux Esséniens dont on a voulu souvent le rapprocher.
